// Film 1 (Naruto et la Princesse des neiges)
Naruto, Kakashi, Sakura et Sasuke sont au cinéma en train de regarder le dernier film de la série La Princesse des neiges. À la sortie, l'héroïne surgit devant nos trois héros et Kakashi leur apprend qu'ils se sont vu confier une mission de rang A : « escorte et protection rapprochée » de l'actrice principale de La Princesse des neiges lors du prochain film dont le tournage se déroulera au pays des Neiges. Cependant, celle-ci semble décidée à ne pas faire le voyage. Cette princesse n'a jamais pleuré depuis l'attaque de son royaume mais son passé finira par la rattraper.
// Film 2 (La Légende de la pierre de Guelel)
Naruto, Sakura et Shikamaru sont chargés de rendre un animal perdu à un village. Mais alors qu'ils accomplissent leur mission, ils sont attaqués par un groupe mené par un mystérieux chevalier, Temujin. Ce dernier défie Naruto. Les trois genin sont alors séparés.
Shikamaru, se retrouvant seul, voit une forteresse géante apparaître devant lui. Il décide d'infiltrer la forteresse, et est alors témoin d'une vision effrayante...
// Film 3 (Mission spéciale au pays de la Lune)
Naruto, Sakura et Rock Lee ont pour mission de protéger le Prince du Pays de la Lune jusqu'à son retour au Royaume. Ils font connaissance avec son fils,Hikaru, un enfant arrogant, hautain et gâté par son père. Naruto, fidèle à ses principes, ne laisse pas passer les caprices de l'enfant et tente de lui inculquer ses valeurs. Mais lorsque le groupe arrive au pays de la Lune et entre dans la ville, les rues sont étonnamment désertes. Quelque chose a changé...
// Film 4 (Naruto Shippuden : Un funeste présage)
Il y a bien longtemps Moryo, un puissant démon, qui avait mené le monde au bord de la destruction, est aujourd'hui ramené à la vie par un être malfaisant. La nouvelle mission de Naruto est de protéger Shion, la prêtresse du Pays du Démon, menacée par Moryo. Elle est en effet la seule capable de sceller son âme maléfique. Elle a aussi un autre don : prédire le destin d'une personne sans jamais se tromper ! Sa dernière prédiction : Naruto va bientôt mourir... Le seul moyen pour Naruto d'échapper à ce présage serait d'abandonner Shion au démon, mais ce n'est pas vraiment son style !
// Film 5 (Naruto Shippuden : Les Liens)
Un mystérieux groupe de ninjas attaque par surprise le village de Konoha et provoque de grands dommages. Le cauchemar d'une autre grande guerre ninja pourrait bien devenir réalité. Sasuke, qui avait quitté Konoha pour partir à la recherche de son frère Itachi, apparait dans ce film car il est chargé de chercher un rouleau qui guérira les blessures d'Orochimaru. Ce film est principalement basé sur la relation entre Naruto et Sasuke.
// Film 6 (Naruto Shippuden : La Flamme de la volonté)
La tension internationale est à son comble entre le village des Feuilles et ses voisins qui ont perdu leurs ninjas aux pouvoirs héréditaires. Pour faire face à ce mystérieux ennemi et à la menace d'une invasion étrangère, Tsunade décrète la loi martiale et prépare ses forces à la bataille. Mais alors que Konoha est en grand danger, on apprend que Kakashi a déserté et se serait évanoui dans la nature comme le plus vile des traîtres... Naruto et ses amis, qui ont gardé toute confiance en leur Maître, sont bien décidés à braver les ordres pour le retrouver !
// Film 7 (Naruto Shippuden : The Lost Tower)
Au cours d'une mission, l'équipe de Naruto, Sakura et Saï, encadrée par Yamato, doit se rendre au Pays du Vent, dans les ruines de la ville de Rôran. Là-bas, ils doivent protéger le sceau enfermant la source des pouvoirs de Mukade. C'est alors que notre héros se retrouve aspiré dans le passé. Il y rencontre Sara, reine de Rôran ainsi que de mystérieux ninjas originaires de Konoha. L'un d'eux ressemblant étrangement au Quatrième Hokage... Ils lui apprennent que Mukade est arrivé ici six ans avant lui et qu'il n'est autre que le conseiller de la reine. La seule solution pour que Naruto puisse revenir dans le présent est de le vaincre. Mais il n'y arrivera pas tout seul...
// Film 8 (Naruto Shippuden : Blood Prison)
Accusé d'avoir tenté d'assassiner le chef du village de Kumo, le Raikage, et tué des jōnin de Kiri et d'Iwa, Naruto est emprisonné à Hozukijo, une prison pour les criminels connue également sous le nom de « Prison sanglante ». Le surveillant de la prison, Mui, utilise l'emprisonnement suprême, une technique qui permet de voler le pouvoir et les capacités du prisonnier. Dans la « Prison sanglante », quelque chose tente de s'en prendre à Naruto. Aidé par ses amis, Naruto doit à la fois prouver son innocence et découvrir la vérité.
// Film 9 (Naruto Shippuden : Road to Ninja)
Kyubi, le démon à neuf queues, attaque le village de Konoha. Minato, le quatrième Hokage, et sa femme Kushina, vont sacrifier leurs vies, pour sauver le village. Avant de mourir ils vont sceller une partie du Chakra du démon dans le corps de leur fils... Naruto, la légende est en marche ! Seize ans plus tard, Naruto et les ninjas de Konoha repoussent une attaque des membres ressuscités de l'Akatsuki. Tout le monde fête la victoire en famille, sauf Naruto. C'est alors que l'homme masqué apparait dans le village. Naruto part à sa recherche avec l'aide de Sakura mais ils se retrouvent pris au piège...
// Film 10 (Naruto Shippuden : The Last)
L'histoire se déroule deux ans après les événements de la 4e grande guerre ninja. Un festival d'hiver est organisé à Konoha, et Hinata souhaite offrir une écharpe rouge qu'elle a tricoté à Naruto. Toneri Ôtsutsuki, un descendant aveugle de Hamura, le frère du Sage des six chemins arrive de la Lune, et tente de l'enlever pour l'épouser ; échouant, il capture à la place sa petite sœur, Hanabi. Par vengeance envers les ninjas, qui utilisent le chakra dans une optique guerrière, Toneri commence à faire descendre la Lune vers le Monde ninja pour en détruire ses habitants ; celle-ci se désagrège progressivement, créant des météorites dévastateurs contre lesquels les cinq kage déploient toute leur puissance pour empêcher la destruction de leurs villages. Naruto, Hinata, Sakura, Saï et Shikamaru sont envoyés en mission pour sauver Hanabi, mais ils tombent dans un piège, et Hinata est enlevée par Toneri, qui a récupéré le Byakugan de Hanabi et activé un dōjutsu propre à son clan, le Tenseigan, lui donnant une puissance équivalente à celle du Sage. Naruto doit maintenant sauver les deux sœurs, tandis que ses sentiments pour Hinata commencent à évoluer...
// Film 11 (Boruto : Naruto, le film)
Après un conflit qui a déchiré toute la région, Konoha connaît enfin la prospérité et le progrès. C'est dans ce contexte paisible que Naruto est nommé 7e Hokage à la tête du Village des Feuilles. Il prépare la tenue du prochain examen de sélection des Ninjas de Moyennes Classes afin de détecter de nouveaux talents. Seule ombre au tableau : son fils Boruto, qui lui en veut terriblement car il se sent délaissé. Mais voilà que Sasuke rentre brusquement au village avec des informations inquiétantes... Boruto, en admiration devant le seul rival sérieux de son père, prend son courage à deux mains et supplie le dernier des Uchiwa de l'accepter comme disciple. Pendant les épreuves de l'examen, deux sombres individus s'attaquent à Naruto ! Boruto est tétanisé et ne doit la vie sauve qu'à l'intervention de Sasuke. Il découvre stupéfait que Naruto a disparu avec ses mystérieux agresseurs au cours de l'attaque éclair...